После поражения в последнем турнире Смертельной Битвы силы зла вероломно вторгаются в Земной Мир. Шао Кан, император Внешнего Мира, нарушив священные правила турнира, решает силой захватить Землю. Он открывает портал между мирами, использовав королеву Синдел как ключ для проникновения. Получился очень интересный предлог для того чтобы телепортироваться на Землю: так как силы зла сделали Синдел своею союзницей, то им было необходимо «только забрать королеву и вернуться во Внешний Мир».
Злой император Шао Кан нелегально открывает портал из Внеземелья в Земной мир и заполучает свою королеву, Синдел, которая является давно умершей матерью Китаны. При открытии портала Земля оказывается под угрозой слияния с Внеземельем. Слияние должно произойти через шесть дней после открытия портала. Слияние собираются предотвратить Лю Кан и его товарищи. Шао Кан берёт в плен Соню Блейд, чтобы заставить Рейдена признать его право на Землю. В ответ Рейден берет в плен генералов Шао Кана. Джонни Кейдж пытается спасти Соню, но Шао Кан хватает его и убивает, после чего Рейдену и его друзьям приходится перегруппироваться. Рейден предлагает им разделиться: Соня, Лю Кан и Китана пойдут искать союзников, а Рейден пойдёт спрашивать у Верховных богов, почему они позволили Шао Кану нарушить правила Смертельной Битвы.
Соня тут же направляется в свой штаб и вербует своего старого напарника Джакса, который как раз надел на руки роботизированные протезы для увеличения силы. Прежде чем они успевают уйти, на них нападает киборг Сайракс с воинами Шао Кана. Победив их, Соня замечает символ дракона, слетающий с плеча Сайракса. Затем Сайракс включает режим самоуничтожения, заставляя Соню и Джакса убегать от взрыва. Тем временем, Китана и Лю Кан разыскивают индейского шамана по имени Ночной Волк, который, как им сказали, знает, как победить Шао Кана. На них нападает киборг Смоук, почти аналогичный Сайраксу. С помощью Саб-Зиро, младшего брата Саб-Зиро, убитого Лю Каном в соревновании, им удаётся одолеть киборга, а Саб-Зиро объясняет, что киборги были пойманы и перепрограммированы Шао Каном для поиска землян вместо него, как того желал его клан. Саб-Зиро помогает обоим воинам, создавая ледяной мост через провал, но, прежде чем Китана и Лю Кан пересекают его, появляется Скорпион и нападает на Саб-Зиро. Эта атака является лишь обманом, чтобы Скорпион смог похитить Китану. Зная, что Лю Кан ещё не достаточно силён для поединка с Шао Каном, Саб-Зиро убеждает Лю Кана продолжать поиски Ночного Волка.
Рейден встречается с верховными богами и задаёт им три вопроса. Он спрашивает, почему Шао Кану позволили нарушить правила соревнования и силой пробиться в Земной Мир, и как можно его остановить. Но ответы богов его не устраивают. Бог по имени Шиннок говорит, что воссоединении Китаны со своей матерью Синдел является ключом к поражению Шао Кана, но другой бог утверждает, что следует победить самого Шао Кана в бою. Рейдена затем спрашивают о его чувствах и обязательствах по отношению к смертным, и что бы он согласился сделать для обеспечения их безопасности.
Лю Кан обнаруживает Ночного Волка, который учит его способности к превращению в животное (англ. Animality), которое необходимо для победы над Шао Каном. Но, чтобы достичь должного духовного состояния, Лю Кану необходимо пройти три испытания. Первое испытание — проверка чувства собственного достоинства и сосредоточенности. Второе — искушение, проявленное в виде Джейд, которая пытается соблазнить Лю Кана и заставить его забыть о Китане. Лю Кан противостоит чарам Джейд, что производит на неё впечатление. Она предлагает свою помощь в битве против Шао Кана. Лю Кан принимает её помощь и ведёт её в храм Верховных богов, где он и его друзья встречаются с Рейденом.
Соня и Джакс на пути в храм, но их перехватывает неземное существо и Милена, которую Соня изначально принимает за Китану. Джакс быстро расправляется с существом, а Соня побеждает Милену после борьбы в грязевой луже. Они видят, что у Милены такая же татуировка дракона, как и у Сайракса. В храме бойцы Земли встречаются с Рейденом, который отказался от бессмертия, чтобы драться рядом с землянами. Вместе они направляются во Внеземелье для спасения Китаны и её воссоединения с матерью.
С помощью Джейд Лю Кан пробирается в замок Шао Кана и вызволяет Китану, отбивая нападение четвёрки таркатанов, ведомых Баракой, и убивая бывшую охранницу Синдел, шоканку по имени Шива. Рейден, Джакс и Соня обнаруживают Синдел и воссоединяют её с Китаной. К сожалению, Синдел остаётся под контролем Шао Кана и убегает, пока трое воинов-рапторов (похожих на Рептилию) нападают на остальных. Джейд тоже убегает. Она оказывается шпионкой Шао Кана, но Шао Кан её позже убивает за некомпетентность. Ниндзя-рапторы побеждены Рейденом, но сам он ранен в битве, раскрывая другим татуировку дракона. Оказывается, эта татуировка является семейным гербом, дающим Рейдену и его семье свободный доступ к межпространственным порталам. Татуировки на Сайраксе и Милене были лишь временными, после чего они исчезли. Рейден затем шокирует всех новостью, что Шао Кан — его брат, а Верховный бог Шиннок — их отец. Он также понимает, что Шиннок лгал ему о воссоединении Китаны и Синдел, чтобы они не преследовали Шао Кана. Рейден и остальные воины готовятся к финальной битве с Шао Каном и его генералами.
Лю Кан и друзья открыто вызывают Шао Кана и его союзников на бой, но их прерывает Шиннок, требующий, чтобы Рейден вернулся в семью и отказался от своих земных союзников. Рейден отказывается и погибает от магии Шао Кана. Появляются двое других Верховных богов, обнаружившие предательство Шиннока. Они объявляют, что судьба Земли будет решаться так, как положено, в Смертельной битве.
В финальной битве Джакс вступает в бой с кентавром Мотаро, Соня дерётся с ниндзя Ермаком, Китана бьётся с Синдел, а Лю Кан вступает в поединок с самим Шао Каном. Бой начинает идти плохо для землян: Шао Кан и Синдел оказываются гораздо сильнее Лю Кана и Китаны, Мотаро отрывает один из протезов Джакса, а Ермак вызывает на помощь против Сони Нуб Сейбота. Внезапно Джакс выбрасывает второй протез и обнаруживает внутри себя уверенность и силы для победы над Мотаро. Соня впервые в жизни просит помощи, и Джакс рад ей помочь. Оба побеждают двух ниндзя. Китане удаётся обманом победить Синдел. Лю Кану удаётся выполнить Animality (он становится драконом), но ему едва удаётся противостоять Animality Шао Кана, который превращается в гидру. Шао Кан начинает смеяться и дразнить Лю Кана, делая его ещё злее, и позволяя Лю Кану открыть второе дыхание. Лю Кан побеждает Императора Внешнего Мира раз и навсегда, а Шиннока изгоняют в Преисподнюю Верховные Боги.
Земля возвращается к состоянию до начала вторжения, а контроль Шао Кана над Синдел наконец-то прекращается, позволяя матери и дочери воссоединиться. Рейдена воскрешают Верховные боги, предлагая ему пост его отца в рядах Верховных богов. Прежде чем уйти с богами, Рейден напутствует друзей, что они теперь являются одной семьёй и должны во всём друг друга поддерживать.
Раз в поколение происходит древний турнир под названием Смертельная Битва, созданный Верховными Богами для защиты Земли от тёмных сил Внешнего Мира. Если силы Зла победят в турнире десять раз подряд, то Император сможет начать вторжение на Землю. На данный момент воины Внешнего Мира выиграли девять турниров подряд и возможно следующий окажется последним для Земли. Бывший шаолиньский монах Лю Кан и его товарищи: голливудская кинозвезда Джонни Кейдж и агент спецназа Соня Блейд, должны рискнуть своими жизнями и победить своих необычных противников, чтобы выиграть десятую Смертельную Битву, или ввергнуть Землю в вечную тьму.
Хотя каждый боец был избран, чтобы участвовать в Смертельной Битве, у каждого есть своя причина для участия. Лю Кан желает отомстить за смерть своего брата Чена, убитого злодеем Шан Цзуном в поединке. Соня Блейд разыскивает хладнокровного убийцу Кано, ответственного за смерть её напарника. Джонни Кейдж соревнуется, чтобы доказать, что он является настоящим мастером боевых искусств, а не фальшивкой, как его описывает пресса. Несмотря на их личные цели, их всех завербовали и направили на причал в Гонконге, где странно выглядящий корабль перевозит их на остров Шан Цзуна, где и произойдёт турнир. Во время плавания они встречаются с двумя из их возможных противников: воина Лин Куэй Саб-Зиро и ниндзя-призрака Скорпиона. Оба находятся под ментальным контролем Шан Цзуна. Несмотря на то, что турнир ещё не начался, Скорпион и Саб-Зиро пытаются напасть на положительных персонажей. Но тут вмешивается Рейден, бог грома, и уводит их от опасности, попутно объясняя им, что происходит.
Прибыв на остров, воины Земли приглашаются Шан Цзуном на первый раунд соревнования, который начнётся на следующий день. Но за кулисами Шан Цзун рассказывает чемпиону Смертельной Битвы четверорукому Горо, что приёмная дочь Императора, принцесса Китана, может предать их и встать на сторону Лю Кана. Воины Внешнего Мира побеждают в первых поединках, а Шан Цзун поглощает души проигравших. Одним из погибших является друг главных героев Арт Лин, убитый Горо.
После таких поражений воины Земли приходят в отчаяние, но Рейден вдохновляет их на бесстрашный бой. Джонни Кейдж, Соня и Лю Кан побеждают Скорпиона, Кано и Саб-Зиро соответственно. Желая сразиться с Горо, Джонни Кейдж идёт на сделку с Шан Цзуном. Перед битвой Джонни Кейджа и Горо Шан Цзун заявляет, что в любой момент он может лично выбрать любого бойца для финального поединка с ним. В итоге Джонни Кейдж сбрасывает Горо со скалы, а Шан Цзун похищает Соню, забирая её во Внешний Мир, утверждая, что у него есть на это право. Рейден не может пойти туда и объясняет, что Лю Кан и Джонни Кейдж должны следовать за Шан Цзуном без него. В случае отказа от битвы победа будет присвоена Внешнему Миру и, так как Соня не может победить Шан Цзуна, один из избранных должен будет с ним сразиться. После битвы Лю Кана с Рептилией во Внешнем Мире, их встречает Китана, рассказывающая им правду об этом месте и её судьбе, подтверждая подозрения Шан Цзуна. Затем они в монашеских рясах, пробираются в башню, где Шан Цзун держит взаперти Соню. Пока Джонни и Китана освобождают Соню, Лю Кан вызывает колдуна на Смертельную Битву. Жестокий поединок заканчивается победой Лю Кана, а также высвобождением всех душ, украденных Шан Цзуном.
Лю Кан и Китана идут рука об руку обратно на Землю, вместе с Джонни Кейджем и Соней Блейд, которые тоже начинают нравиться друг другу. Рейден встречает их, поздравляя со спасением Земли. Но празднование прерывается прибытием Шао Кана, угрожающего жителям Земли. Рейден и четыре бойца готовятся к новой битве.
